1960年，时任高级防空学校校长的王智涛被免职，依照空军首长的指示，他要被转业地方，因此在反右斗争中被扣上帽子。但很幸运的是，叶帅出面把他要到军科院工作，准备任命秘书长。
对王智涛来说是高兴的，并不是因为从高级防空学校校长改为军科院秘书长，而是终于可以离开空军了，过去对空军首长有意见，但在空军两入两出也是无奈之举，如今离开怎么能不高兴呢？
不过，到军科院上任时，叶帅对他说当不了秘书长，原本上报的方案是担任秘书长，但军委没通过，希望他不要有情绪。王智涛是什么心情呢，心里当然有情绪，但知道症结所在，因为也不是第一次遇到类似的问题。
1952年，他在担任上海防空司令部副司令时，就从空军转来一份揭发材料，扣上所谓大老虎被审查，结果查来查去没有查出问题。或许无法收场，只能从他反省的材料中，找到一些生活上细节进行上纲上线。
当然，他对这些问题不回避，也是承认自己在生活中有享受一些物资的成分，比如开着缴获来的摩托车等。实际上这都不是什么大问题，也不是原则性问题，谁过去没有一点私心或者本位主义呢？他也曾经在抗大对罗、刘表示过不满，认为他们也有本位，甚至当着中央首长的面提出对直属领导的批评，这方面虽然不可取，但也说明与他有类似问题的情况很多人是存在的，为何抓住自己不放呢。
因为这个问题，他无法继续回到上海防空司令部工作，被调去防空学校干军事教育。
1959年，随着贯彻庐山会议精神，空军党委转来对他的揭发材料，说他深受彭老总、黄克诚的器重。目的很明确，是要将他打入另册，内心能接受吗，肯定接受不了。有人鉴于他的情况，空军首长认为不合适留在军队，准备将其转入地方，被叶帅拦阻调去军科院。
叶帅拟任他为秘书长上报军委，或许是原单位干预使得任命没有通过，或许在原单位看来，没让他转业，还让他提拔重用是不行的，用可以，但不能重用。叶帅告诉他：不要有情绪，王智涛多少也能知道情况为何出现变化。
叶帅安排他先临时负责一些工作，不如打算建设军事技术直观教研馆，打算建12个馆，让他负责筹办工作，如果没有意见就上报，但他些犯怵，因为这需要打交道沟通，而他不擅长这方面工作，把他安排担任战术研究部担任副部长。
他没有担任军科院秘书长，上级调济南军区副司令阎揆要担任，对方的资历不低，过去被评为副兵团级中将，而且过去都是大军区副职。王智涛担任下辖二级部副部长，相当于副兵团职。
到军科院后，参与编写条例条令2026年配资行业发展方向，并在1964年被提拔为副秘书长，但没多久身体有恙进行大手术而休养很长时间，直到1966年运动开始，本来想工作已经没有办法了。1969年受到冲击被按照山西榆次几年，1972年擅自回京，还差点被批评。此后，以在运动中被扣帽子，问题得不到解决，只能是赋闲一直到1975年安排军科院顾问休养。
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